Xanthomonas translucens توصيف عزلات المسببة لمرض التخطط البكتيري على القمحوتحليل معلوماتي حيوي لمعطياتها الجزيئية

Abstract

بعد مرض تخطط الورقة البكتيري والعصافة السوداء الذي تسببه البكتيريا Xanthomonas translucens من أهم الأمراض البكتيرية على القمح في سورية؛ فقد تم عزل 98 عزلة بكتيرية من عينات نباتات نجيلية (قمح، شعير) مجموعة من 15 منطقة في سورية نتج عنها بالغربلة حسب الخصائص المورفولوجية والبيوكيميائية والعدوى الاصطناعية 35 عزلة موافقة المواصفات البكتيريا X

وبتطبيق تقانة Colony PCR باستخدام زوج بادنات يضخم جزء بوزن جزيئي 1636 bp من مورثة rp/B التي تتحكم بانتاج البولي سكاريد عند الجنس Xanthomonas على 15 عزلة من العزلات المدروسة الموافقة لمواصفات X مقارنة مع 3 عزلات تم عزلها من النباتات ولم تنتمي إلى كشاهد سلبي و 3 عينات DNA السلالات مرجعية تنتمي للجنس كشاهد إيجابي، أظهرت نتائج الرحلان الكهربائي على XX, Xev) Xanthomonas هلامة أغاروز 1% الحزمة ذات الوزن الجزيئي المتوقع 1636 bp في العزلات الموافقة لـ X والعزلات التابعة ل Xanthomonas الشاهد الإيجابي بينما لم تظهر الحزمة على العزلات الشاهد السلبي.

وكذلك أكد انتمائها إلى X باستخدام زوج بادئات متخصص تم تصميمه خلال هذه الدراسة باستخدام برنامج primer three المتوفر على موقع NCBI واعتمادا على السلاسل المنشورة المنطقة (123)، وقد سمح زوج البادئات المصمم بتضخيم قطعة وزنها الجزيئي 139 bp من منطقة (ITS) عند X و X : وكنتيجة هذه البادئات يمكن استخدامها في تعريف وتشخيص بكتيريا X X في النباتات المصابة والبذور الملوثة.

ولتمييز سلالات X عن X طبقت تقانات البصمة الوراثية rep-PCR على عزلات الـ DNA للعزلات البكتيرية المدروسة إضافة إلى DNA 6 سلالات بكتيرية تتبع الجنس بهدف رسم شجرة القرابة الوراثية XXат, Хес, Хоо, Хос. Xcm) Xanthomonas وحساب مصفوفة التشابه. حيث أظهرت نتائج الرحلان الكهربائي لتقانات rep-PCR وجود 888 حزمة مميزة تراوحت أوزانها بين 140-5000 توزعت لـ 3034 (24) حزمة للتقانات ERIC-PCR BOX-PCR والـ REP-PCR على التوالي وكانت هناك الحزم 13 و 15 1450 و 22 و 11 و 13 ذات الأوزان الجزيئية التقريبية (540 1100 1870ء 1220 و bp) على التوالي مميزة السلالات X أو بعضها.

حسبت مصفوفة التشابه لنتائج البصمة الوراثية rep-PCR للعزلات باستخدم برنامج 1.32 POPGENE حسب معادلة ( (1978) و كانت السلالة Xee أقرب الأنواع البكتيرية السلالات بنسبة تشابه تجاوزت الـ 82% تلتها السلالة Xoe بنسبة تشابه حوالي 65%، بينما السلالة الأبعد عن سلالات X كانت سلالة Xem بنسبة تشابه حوالي 52%.

وتراوحت نسب التشابه بين سلالات X فيما بينها من 94% بين X122.1 من جهة وسلالات )17( 28 إلى 100 (14.2 معXt3.1, Xt17 كما رسمت شجرات التباعد الوراثي ذات الجذر باستخدام برنامج 1.36 Treccon بطريقة Neighbor joining حسب معادلة is Nei (1979) وذلك لكل تقانة من ثقانات rep-PCR على حدا ومن ثم لجميعها.

وانقسمت جميع شجرات التباعد الوراثية إلى عنقودين، الأول ضم عزلات والآخر ضم باقي السلالات التابعة لأنواع Xanthomonas حيث انقسم عنقود X في شجرة التباعد الوراثي التقانات البصمة الوراثية rep-PCR إلى تحت عنقودين انقسم تحت العنقود الأول إلى مجموعتين الأولى ضمت عزلة واحدة X12.2 وضمت المجموعة الثانية عزلات ( X124.1 13.1 128 (17) انقسم تحت العنقود الثاني لعزلات X بدوره إلى مجموعتين أيضا.

حوت الأولى عزلة X114 ، وانقسمت المجموعة الثانية لفرعين الأول ضم ( 126 X130 وبالتالي تمكنت ،)Xt21, X134, Xt10, 4.2X17 133) وضم الفرع الثاني عزت( طريقة البصمة الوراثية المعتمدة على تقانات rep-PCR من تصنيف عزلات السورية إلى 6 طرز وراثية متباينة.

اجري تحديد التتابع التكليوتيدي المنطقة الـ ITS المضخمة بوساطة بادئات 235-DNA 16 DNA لعزلة Syrian Xce حيث تم الحصول على التتابع لجزئين من الـ ITS حددت هوية القطع بوساطة برنامج BLAST و Blast-2Sequence المتاح على موقع NCBI، وكانت مطابقة لقطعة الـ ITS المقابلة لها في 17 Xee .

تم استخراج عدد من سلاسل الـ ITS المنشورة السلالات بكتيرية تتبع أنواع استخدمت كشاهد في تحليل البصمة الوراثية بهذا البحث، ومقارنتها مع التتابع الكليوتيدي الذي تم الحصول عليه بالنسبة للسلالة Syrian Xee ، أجري تحليل القرابة الوراثية Multiple alignment باستخدام برنامج 2.0.8 Clustal ورسمت شجرة القرابة الوراثية باستخدام 2.0.8 Clustal X و Tree View ، أظهر هذا التحليل أن الـ ITS للعزلة Syrian Xce متطابق مع ما يقابله عند X X X Xoo ومتباعدة عن Xem Xcv وقربية من Xcc 17